Религиозные конфликты возникают по причине постоянного воздействия целого ряда факторов. Основные из них следующие:
1. Наличие в государстве множества конфессий. В качестве примера можно привести Ливан – пожалуй, самую уникальную страну в этом плане. В ней проживает более двадцати этнорелигиозных общин. И каждая из них стремится сохранить свой индивидуальный характер, часто даже в ущерб государственным интересам. С 1943 года распределение высших должностей негласно стало зависеть от принадлежности к определенной общине. Так, президентом республики может быть только христианин, мусульманин-суннит – премьер-министром, а мусульманин-шиит – председателем парламента. Естественно, укрепление позиций христиан не могло понравиться мусульманской части населения. На этой почве в стране стали все чаще проявляться межконфессиональные конфликты. Иногда обычные столкновения перерастают в гражданскую войну. Политическая ситуация в Ливане меняется с переменным успехом, но по-прежнему остается напряженной.
2. Некоторые религиозные конфликты обусловлены особенностями создания государства. Например, многие африканские и азиатские страны только полвека назад стали независимыми. До этого они были колониями или полуколониями европейских стран. Причем метрополии создавали государства, совершенно не учитывая различия религиозных общин, сложившиеся исторически. Вследствие чего последователи одной религии оказывались разобщенными и, наоборот, вынуждены были жить в одной стране с представителями других конфессий. Так, итогом гражданской войны, длящейся многие годы между жителями провинции Эритрея, исповедующими ислам, и жителями Эфиопии, исповедующими преимущественно христианство, стал выход провинции в 1993 году из состава Эфиопии.
3. Также религиозные конфликты провоцируются дискриминацией некоторых групп, проживающих в стране. Проявляется это в неравенстве социально-экономическом и в преобладании в политической элите представителей определенной конфессии.
4. Межрелигиозные конфликты возникают и в том случае, когда оппозиционное религиозное движение поддерживается извне экономическими, политическими, идеологическими и военными средствами. Чаще такой вид конфликта встречается, когда последователи одной религии живут на территории нескольких государств. Действие данного фактора очевидно на примере Индии. В 1947 году эта британская колония обрела независимость и поделила свою территорию на два государства по религиозному принципу. Там, где преобладали мусульмане, образовался Пакистан, а там, где было больше индуистов, Индийский союз. Последний в свою очередь поделил территорию на Западный и Восточный Пакистан. Несмотря на преобладание мусульманского населения, княжество Кашмир вошло в состав Индии. В результате чего постоянные региональные конфликты вылились в индо-пакистанскую войну. Каждое княжество могло само решать, куда войти: в состав Индии или же Пакистана.
5. Часто религиозные конфликты провоцируются теми странами, которые якобы защищают права своих единоверцев и вмешиваются во внутреннюю жизнь других государств. Например, так произошло в 80-е годы во время ирано-иракского конфликта, официальной причиной которого назвали противостояние, возникшее между шиитами и суннитами. А на самом деле причиной была борьба за власть в регионе вообще и в частности за владение месторождениями нефти на территории Персидского залива (то есть экономические интересы).
6. Иногда религиозные конфликты становятся следствием вмешательства в религию политики. Такая ситуация имеет место в современной Украине. Там возникло противостояние между православными Киевского патриархата и Московского. То есть сложился конфликт внутри представителей одного и того же религиозного учения.